Movable Typeをインストールし、幾つか新しい記事もエントリーしましたが、サイト構造の構築に関しては、全く知識がない状態です。
ネットで調べながらでも良いのですが、効率が悪いので参考書を買いました。
Movable Typeスタイル&コンテンツデザインガイド
エ・ビスコム・テック・ラボ著
毎日コミュニケーションズ

ざっと斜め読みしたら、意外と内容が分かりました。
このMTというやつは、、、
1)テンプレートというものが、サイトの構造を決める事。
2)テンプレートはhtml+Movable Type特有のタグ(変数?)で作る。
3)スタイルシートを真面目に使った方が良いこと。
2)はMovable Type特有のタグを覚えないと、ダメですね。ただ、html文法が使えるので、ビルダーなどでhtml記述で全体のデザインを作ってから、html文をコピーすれば簡単かな、、、?(今後研究をすすめる)
3)はCMSとして使うという事で、出来るだけ多くの設定をスタイルシートで記述した方が、後で管理が楽という事だろう。今まで虫食い状にしか理解していないスタイルシートを、キッチリ記述していくように心がける必要がありそうだ。